- 办公厅（对台湾农业事务办公室）
- 人事司
- 法规司
- 政策与改革司
- 发展规划司
- 计划财务司
- 乡村产业发展司
- 农村社会事业促进司
- 农村合作经济指导司
- 市场与信息化司
- 国际合作司
- 科技教育司（农业转基因生物安全管理办公室）
- 农产品质量安全监管司
- 种植业管理司（农药管理司）
- 畜牧兽医局
- 渔业渔政管理局
- 农垦局
- 种业管理司
- 农业机械化管理司
- 农田建设管理司
- 机关党委
- 离退休干部局
- 长江流域渔政监督管理办公室
- 农业农村部机关服务中心( 农业农村部机关服务局 )
- 中国农业科学院
- 中国水产科学研究院
- 中国热带农业科学院
- 全国农业展览馆（中国农业博物馆）
- 中国农业电影电视中心
- 农民日报社
- 中国农业出版社有限公司（农村读物出版社）
- 中国农村杂志社
- 全国乡村振兴宣传教育中心
- 中央农业干部教育培训中心（农业农村部管理干部学院、中国共产党农业农村部党校）
- 农业农村部人力资源开发中心、中国农学会
- 农业农村部农村经济研究中心
- 农业农村部信息中心
- 农业农村部农产品质量安全中心
- 中国绿色食品发展中心
- 农业农村部规划设计研究院
- 中国乡村振兴发展中心
- 农业农村部大数据发展中心
- 农业农村部工程建设服务中心
- 农业农村部财会服务中心、中华农业科教基金会
- 农业农村部对外经济合作中心（中国-欧洲联盟农业技术中心）
- 农业农村部农业贸易促进中心(中国国际贸易促进委员会农业行业分会、中国国际商会农业行业商会)
- 中国国际减贫中心
- 农业农村部国际交流服务中心
- 中央农业广播电视学校(农业农村部农民科技教育培训中心)、中国农民体育协会
- 农业农村部科技发展中心
- 农业农村部农业生态与资源保护总站
- 中国农村技术开发中心
- 全国农业技术推广服务中心
- 农业农村部农药检定所（国际食品法典农药残留委员会秘书处）
- 农业农村部耕地质量监测保护中心
- 农业农村部农业机械化总站
- 全国畜牧总站
- 中国动物疫病预防控制中心（农业农村部屠宰技术中心）
- 中国兽医药品监察所（农业农村部兽药评审中心）
- 中国动物卫生与流行病学中心
- 中国农垦经济发展中心（农业农村部南亚热带作物中心）
- 农业农村部农村社会事业发展中心（农业农村部乡镇企业发展中心）
- 农业农村部乡村振兴监测中心
- 全国水产技术推广总站、中国水产学会
- 农业农村部渔政保障中心
- 外交部
- 国防部
- 国家发展和改革委员会
- 教育部
- 科学技术部
- 工业和信息化部
- 国家民族事务委员会
- 公安部
- 国家安全部
- 民政部
- 司法部
- 财政部
- 人力资源和社会保障部
- 自然资源部
- 生态环境部
- 住房和城乡建设部
- 交通运输部
- 水利部
- 农业农村部
- 商务部
- 文化和旅游部
- 国家卫生健康委员会
- 退役军人事务部
- 应急管理部
- 中国人民银行
- 审计署
- 国家语言文字工作委员会
- 国家航天局
- 国家原子能机构
- 国家外国专家局
- 国家海洋局
- 国家核安全局
- 国家乡村振兴局
- 国务院国有资产监督管理委员会
- 海关总署
- 国家税务总局
- 国家市场监督管理总局
- 国家金融监督管理总局
- 中国证券监督管理委员会
- 国家广播电视总局
- 国家体育总局
- 国家信访局
- 国家统计局
- 国家知识产权局
- 国家国际发展合作署
- 国家医疗保障局
- 国务院参事室
- 国家机关事务管理局
- 国家反垄断局
- 国家认证认可监督管理委员会
- 国家标准化管理委员会
- 国家新闻出版署（国家版权局）
- 国家宗教事务局
- 国务院研究室
- 国务院侨务办公室
- 国务院港澳事务办公室
- 国务院台湾事务办公室
- 国家互联网信息办公室
- 国务院新闻办公室
- 新华通讯社
- 中国科学院
- 中国社会科学院
- 中国工程院
- 国务院发展研究中心
- 中央广播电视总台
- 中国气象局
- 国家行政学院
- 国家粮食和物资储备局
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- 吉林畜牧业管理局
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- 江西农业农村厅
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- 海南农业农村厅
- 重庆农业农村委
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- 西藏农业农村厅
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- 青海农业农村厅
- 宁夏农业农村厅
- 新疆农业农村厅
- 新疆兵团农业农村局
