《农民专业合作社法》这部法律的显著特点，是突出农民的合法权益保障。

　　首先，法律确定农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上建立的互助性经济组织，不搞“归大堆”，不变更农民的财产权利关系，不改变家庭承包经营体制。

　　其次，明确了农民的主体地位。法律规定农民专业合作社中农民成员的比例不得低于80%；成员总数20人以下的，可以有一个企业、事业单位或者社会团体成员；成员总数超过20人的，企业、事业单位和社会团体成员不得超过成员总数的5%。成员地位平等，实行民主管理，基本表决权制度是“一人一票”。这些规定可以有效保障农民成员在合作社中的财产权利和民主权利，充分体现了农民是合作社的“主人”。同时规定，出资额或与本社交易量（额）较大的成员可以根据章程规定，共同享有不超过本社成员基本表决权总票数20%的附加表决权，也适当维护了“大户”成员的利益。

　　第三，确立了利益分配的惠顾原则。法律规定合作社可分配盈余的60%以上按照成员与合作社的交易量（额）的比例返还给成员，其余部分以成员的出资额和公积金份额等为基础按比例分配，这与一般的企业法人显著不同，体现了合作组织所有者和劳动者统一的特征，体现了利润既有成员出资的贡献，也有成员与合作社交易的贡献这一合作组织独有的特性。

　　第四，为合作社留下了足够的自治空间。包括成员的出资额、出资方式、利益分配、亏损处理以及理事会、监事会，成员代表大会的设置等都可以由合作社章程作出具体规定。